A partir de este momento llegaría el mejor momento del conjunto de Villarreal, logrando cinco victorias consecutivas en liga, una de ellas en el Estadio Vicente Calderón frente al Atlético de Madrid con un gol de Luciano Vietto, además en este mes de diciembre cerraría su participación en la Europa League con una victoria por (0-2) ante el Apollon Limassol, pasando a los dieciseisavos de final como segundo de grupo por detrás del Borussia Mönchengladbach, enfrentándose en dicha ronda contra el Salzburgo. El 20 de ese mismo mes debutaría con el primer equipo del Bayern de Múnich en la victoria 3:1 ante el S. C. Friburgo en la 1. Bundesliga, convirtiéndose así en el futbolista más joven del club en debutar con el primer equipo. Forlán, que salió sustituyendo a Agüero, lo intentó durante todo el encuentro, pero no hubo manera de que el balón entrara y el Atlético se dejó dos puntos en un partido donde la victoria era obligada. La 1994/1995 y 1995/1996 fueron dos temporadas nefastas para el Athletic, en las que la única estrella que brillaba era la de Julen Guerrero, quien con su juego y sus goles hacía entusiasmar a la afición de San Mamés.

En el minuto 24, García Calvo cometía penalti sobre Bolo y era expulsado, dejando al Atlético con un jugador menos. El primero de ellos lo marcó Bolo en el minuto 34, de cabeza, a pase de Cembranos. En el minuto 42, de nuevo Diego Alonso aprovechó un fallo garrafal de Almunia en su salida, y de cabeza, marcó el 0-2. En el 46, un saque de banda cercano al área contraria acabó en los pies de Stankovic que, a la media vuelta, disparó raso y pegado al palo para marcar el definitivo 0-3. Aquella nueva victoria situaba al Atlético líder, empatado a puntos con el Burgos y el Xerez. El Villarreal venció en el Astana Arena por (0-3) y en El Madrigal por (4-0),consiguiendo el pase a la fase de grupos de la UEFA Europa League. Esta fue la última edición de la competición antes de ser sometida a una profunda reestructuración en su formato por el nuevo presidente Lennart Johansson, camiseta bayern munich buscando una mayor proyección y pasando en adelante a ser denominada como Liga de Campeones de la UEFA. Esta sección es un extracto de Anexo:Grupo H de la Liga de Campeones de la UEFA 2019-20 § Clasificación. La sección de fútbol femenino está a cargo del entrenador Jens Scheuer.

Por parte de la Fundación no firmó su presidente, Aurelio Martínez, porque ya dijo al inicio del proceso que él no firmaría y que dejaría el cargo en cuanto toda la venta terminara. Este empate lo descendió al segundo puesto con siete puntos, a dos del líder, el Xerez, y a uno del tercero y cuarto, Real Jaén y Burgos. Fue titular en el primer partido pero para el segundo ya perdió el puesto. Como recambios en el mediocampo figuraban Colsa, que empezó la temporada como titular pero su puesto fue arrebatado por Nagore, Roberto, que en ocasiones jugó como segundo delantero, Luque y Jesús. De esta forma, la plantilla del Atlético de Madrid para la temporada 2001/2002 quedó conformada por: Germán «Mono» Burgos, Armando, García Calvo, Hibić, Carreras, Aguilera, Movilla, Colsa, Stanković, Fernando Torres, Diego Alonso, Dani, Roberto, Otero, Correa, Santi, Nagore, Luque, Antonio López, Toni Jiménez, Jesús, Sergio, Del Pino, Amaya, Ortiz, Juan Gómez y Juan Carlos. El tercero fue un golazo de falta directa por toda la escuadra de Correa, en el minuto 46. Esta victoria volvía a situarlos líderes con diez puntos, a solo uno de Xerez y Burgos, segundo y tercer clasificado. El club consiguió el ascenso tras una victoria en el estadio del CD Leganés, quedando finalmente campeón de segunda división.

El Atlético solamente logró retornar a primera división el 28 de abril de 2002, con un equipo dirigido por Luis Aragonés. Aquel año, el claro favorito de la Segunda División fue el Atlético de Madrid. El Atlético se mostró terrible en todas sus líneas y dio al Rayo un baño de autoestima que le sirvió para marcar dos goles más. Rayo Vallecano en el Estadio Teresa Rivero-Vallecas, en lo que fue el quinto partido amistoso. El 7 de agosto el Manchester United jugó el primer partido oficial de la temporada, logrando la Community Shield tras derrotar al Leicester City por 2-1 en Wembley, siendo este el primer título de Mourinho con el United. Una de las características tradicionales del torneo hasta 2018 fue que todos sus partidos se disputaban en martes o miércoles a las 20:45 horas (hora de Europa central) en simultáneo, con excepción de la final y los países de Europa del Este o Eurasia. Este período se conoce como los años en el infierno, debido a una campaña de captación de socios lanzada por el club. En el 8, una falta lanzada por Txutxi superó al Mono Burgos y puso el empate en el marcador. En el minuto 85, Fernando Torres transformó un penalti de manera magistral, devolviendo el empate al marcador.